Heti talvisodan alussa Koteja Kodittomille Lapsille –yhdistys kokosi ison vaatevaraston, josta jakoi apua tarvitseville lapsille vaatteita. Kengistä ja vaatteista oli lapsilla huutava pula läpi talvi- ja jatkosodan. Vuonna 1943 yhdistys järjesti suurkeräyksen, jossa vaateapua saatiin noin 20 000 lapselle.

Sotien aikana yhdistyksen yksi päätehtävistä oli organisoida sellaisten turvattomien lasten siirtoja pommituksilta suojaan maaseudulle, joiden omat vanhemmat tai sukulaiset eivät siirtoa saaneet järjestymään. Yhdistys siirsi sodan aikana satoja lapsia ja myös pienten vauvojen imettäviä äitejä turvallisempiin oloihin maalle.

Ruotsista ja Tanskasta saaduilla avustusrahoilla yhdistys jakoi jatkosodan aikana 23 paikkakunnalla ilmaista ruokaa aliravituille lapsille ja imetysikäisten äideille.

Vuonna 1941 Koteja Kodittomille Lapsille ry oli mukana yhdessä Kenraali Mannerheimin Lastensuojeluliiton kanssa perustamassa Suomen Huolto –järjestöä, joka organisoi maan laajan mutta hajanaisen vapaaehtoisen huoltotyön järjestelmälliseksi toiminnaksi.