Nyberg oli alusta pitäen mukana perustamassa Koteja Kodittomille Lapsille yhdistystä. Hän työskenteli järjestön pääsihteerinä vuodet 1922–1945 sekä toimitusjohtajana vuodet 1945–1955. 1920-luvulla Nyberg toimi myös Kansainvälinen Lasten Apu -järjestön sihteerinä sekä useissa muissa lastensuojelualan luottamustehtävissä Suomessa ja maailmalla.

Koteja Kodittomille Lapsille –järjestössä Nyberg oli sijaisperhehoidon uranuurtaja ja suunnannäyttäjä. Nyberg piti erityisen tärkeänä lastensuojelun koulutuksen ja alan tieteellisen perustan vahvistamista. Itse hän väitteli lastensuojelun alalta vuonna 1931.

Bertel Nyberg tutki ja kirjoitti lasten asemasta etenkin historian, kansatieteen ja mytologioiden näkökulmista. Vuonna 1929 teoksessaan Lapsi kautta vuosisatojen hän loi laajan katsauksen muinaisaikojen ihmisten suhtautumistavoista lapsiin ja lapsuuteen. Vuonna 1945 hän työsti samasta teemasta lyhyemmän teoksen, Ami Hauhion kuvittaman Tähtien suojatit maan povella.

Näistä teoksista piirtyy esiin kirjoittaja, joka suree kautta aikojen aikuisten mielivallan alla olleita lapsia ja näiden karmeita kohtaloita. Nyberg ei ihaile myöskään oman modernin aikansa patriarkaattista länsimaista kulttuuria, jonka suhtautumisessa lapsiin ja hoivaan hän näkee vahvasti parantamisen varaa: ennen ei aina ja kaikkialla suinkaan ollut julmempaa.

Vuoden 1929 kirjansa Nyberg aloittaa isoisänsä Sakari Topeliuksen sitaatilla. Saman sitaatin voisi nähdä Nybergin mottoa omassa elämässään: hän teki elämäntyönsä kirjaimellisesti hennoimpien lastenäänien hyväksi: